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生物信息学（上海海洋大学）期末考试答案2023春

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生物信息学（上海海洋大学）

GO注释不包括以下哪个方面的内容？

AI参考:正确选项是：B:同源基因。根据题干中给出的选项，只有同源基因不是注释的主要内容。注释是对代码或其他文本进行解释说明，提供代码的功能和意义，以及可能影响其正常运行的各种因素等信息。选项A、C和D都是生物信息学研究中常用的注释内容，而B选项“同源基因”是与注释内容无关的，因此不是正确的选项。'

通过InterProScan，我们可以得到很多蛋白质相关信息，如果我们希望得到蛋白质家族相关的信息，我们应该关注下面哪个方面的信息？

AI参考:通过对题目进行分析，该问题要求选择一个与蛋白质家族相关的信息。在给出的选项中，A选项“Domain”表示蛋白质的域，通常指蛋白质中的特定区域，这些区域在蛋白质的功能中起到关键作用；B选项“Site”表示蛋白质的特定位置，通常与功能相关；D选项“GO term”表示基因本体论（Gene Ontology）中的术语，用于描述基因或蛋白质的功能；而C选项“Family”表示蛋白质家族，它描述的是一组具有相似结构、功能或起源的蛋白质。由于题目要求与蛋白质家族相关的信息，因此C选项“Family”是正确答案。'

使用hisat2进行转录组序列比对的结果文件一般储存为什么格式？

AI参考:正确选项是A:Fasta。Hisat2是一款用于生物信息学中RNA-seq数据比对的软件，其结果文件通常以Fasta格式保存。Fasta格式是一种用于生物信息学中序列比对结果的常见格式，它以文本形式存储序列信息，方便读取和处理。因此，答案为A：Fasta。'

有一个基因组，组装后成得到7条序列，长度分别为75，23，19，13，13，13，12，则这个基因组组装的N50长度为___________

AI参考:正确选项是D：23。解释：在基因组组装后得到的序列中，长度为23的序列是最长的，且它只出现了一次，因此N50长度即为23。这个问题的关键是理解基因组组装后的序列长度和基因组本身的长度是两个不同的概念，题目中的基因组长度是组装后序列的总和，而N50是所有组装序列中长度大于或等于的中间值。因此，在给定的序列中，23是最长的且只出现了一次，所以N50长度为23。'

以下哪个进化树的构建方法是基于概率模型？

AI参考:正确答案是B：最大似然法。最大似然法是一种基于概率模型的进化树构建方法，它通过最大化样本数据和理论模型之间的似然函数来估计参数和构建进化树。而最大简约法和距离法都是基于距离的进化树构建方法，它们不考虑概率模型，而是通过计算样本数据之间的距离来构建进化树。因此，答案为B。'

血红蛋白参与血液中氧气的运输，在一些生活中氧气浓度较低的生物中，这些蛋白质运输氧气的能力比其他近缘物种更强，如果在这个物种的进化过程中，外界环境的氧气含量增加，这些蛋白质运输氧气的能力也随之逐渐下降。那么这些基因受到了那种选择作用？

答案:放松性选择

全基因组鸟枪法测序是指将基因组打成小片段后将其克隆到质粒载体中，然后随机挑取克隆对插入片段测序，并以获得的测序序列构建重叠群。在此基础上进一步搭建序列支架，最后以_______________为向导将序列支架锚定到基因组整合图上。

答案:分子标记

RNA二级结构预测可以用以下哪种软件？

答案:RNAFOLD

在进行进化树构建时，一般来说，以下哪种进化方法计算量最大？

AI参考:答案：C解释：距离法是通过比较各对样品的距离值，将距离近的样品聚为一类，因此计算量最大。而最大似然法、最大简约法和UPGMA法都是基于距离法的改进，计算量相对较小。因此，答案为C。'

如果我们要进行文献查询，我们应该选择以下哪个数据库？

AI参考:正确答案是A:PubMed。PubMed是一个免费的搜索引擎，提供了生物医学方面的文献搜索。它包含了大量的生物医学文献，包括期刊论文、书籍、预印本等。因此，如果要进行文献查询，应该选择PubMed数据库。其他选项Genome、Nucleotide和Structrue并不是专门用于文献查询的数据库，因此不正确。'

下面哪个数据库是属于蛋白质三级结构数据库？

答案:PDBAI参考:正确答案是A:PDB。PDB（Protein Data Bank）是一个存储和发布蛋白质、核酸和其他生物分子三维空间结构的数据库，这些结构数据对于理解分子的生物学功能和设计药物等非常重要。其他选项B、C、D分别属于蛋白质功能、名称和基因序列的数据库，与蛋白质三级结构无关。'

哪种蛋白质，三级结构预测的方法最准确。

答案:同源建模法

下面是一个gff文件的一段内容，标出的内容表示含义正确的是_______________

答案:①基因所在的序列名②序列上基因所在位置的起点③基因的编码方向④基因名

第三代测序技术的平均读长可达__

AI参考:正确选项：D第三代测序技术，也称为下一代测序技术，其平均读长通常在1000-3000 bp范围内。这是因为第三代测序技术采用了更高的测序深度和准确性，能够同时测序数万个DNA片段，从而获得更全面的基因组信息。虽然有些情况下可以达到更高的读长，但通常在1000-3000 bp范围内是比较常见的。因此，答案为D，即1000-3000 bp。'

甲基化测序技术主要用于研究__

AI参考:正确选项是A：表观遗传学。甲基化测序技术主要用于研究表观遗传学，即基因组在细胞分裂和分化过程中，DNA甲基化等修饰对基因表达的影响。甲基化测序技术可以提供有关表观遗传学信息，如基因组中哪些区域被甲基化，以及这些区域与基因表达的关系等。其他选项B、C、D与甲基化测序技术的研究目的不相关。'

下列哪些方法是根据细胞的大小/形状或细胞表面标志物的表达进行有偏向的选择__

AI参考:正确选项为：A:荧光激活细胞分选FACS 和 D:磁性激活细胞分选MACS这两个方法都是通过特定方式（荧光激活和磁性）对细胞进行分选，主要根据细胞的大小和形状或者表面标志物的表达来进行有偏向的选择。微流体分选主要用于单个细胞的分离，而液滴分选则是一种新型的细胞分选技术，两者均不是根据细胞大小或形状进行选择。因此，B和C选项不正确。'

NCBI的核酸序列数据库可以用哪些格式下载？（）

答案:FASTA;GENBANK

转录组研究关注的主要内容包括：

AI参考:正确选项为：A:基因或转录本的表达量；D:多个基因的变化规律和相互关系。转录组研究主要关注的是基因或转录本的表达量，即一个基因在特定条件下所有转录本的数量。此外，多个基因的变化规律和相互关系也是转录组研究的重要内容之一。其他选项B、C虽然也是转录组研究的一部分，但不是最主要的研究内容。因此，A和D是正确选项。'

以下哪个成就不是被称为“生物信息学之母”的Dayhoff所取得的？

AI参考:正确答案是D：创建了第一个蛋白质数据库。被称为“生物信息学之母”的Dayhoff，主要成就包括构建了第一个氨基酸替换模型（A对），创建了BLAST算法（B对）以及第一个通过计算机程序构建的进化树（C对）。而D选项中提到的创建第一个蛋白质数据库并非她的主要成就。因此，D选项是正确答案。'

转录组测序可以研究的内容有____

答案:基因的差异表达;基因的可变剪切;新的转录本鉴定

Gene Ontology 数据库把注释信息分成以下几类：

答案:分子功能;细胞组分;生物过程AI参考:正确选项为 D:生物过程。Gene Ontology 数据库将注释信息分为以下几类：细胞组分、分子功能、生物过程和细胞组成。其中，生物过程是指一系列有明确方向并由基因表达调控所驱动的有序事件。因此，选项 D 是最符合题意的答案。'

以下哪些步骤是通过序列来构建进化树所必需的？

AI参考:正确选项是ABCD构建进化树是一个复杂的过程，涉及多个步骤，包括：1. 进行序列比对：这是构建进化树的第一步，需要将多个序列进行比对，以获得共同的特征。2. 选择合适的方法来构建进化树：根据所使用的软件和数据特点，选择适合的方法来构建进化树。3. 对构建的进化树进行评估：在构建出进化树后，需要进行评估，以确保其准确性和可靠性。因此，选项ABCD都是必需的步骤。选项D虽然不是构建进化树的直接步骤，但它是选择用于比对的序列的重要依据。所以，如果选择一个与目标生物无关的序列进行比对，那么结果可能不准确。因此，选择合适的同源序列也是构建进化树的重要一环。'

假设在哺乳动物出现之前，珠蛋白基因由于基因加倍形成alpha-珠蛋白和beta-珠蛋白基因，以下哪些论述是正确的？

AI参考:正确答案是D：人的alpha-珠蛋白和beta-珠蛋白基因，是属于直系同源基因。哺乳动物出现之前，珠蛋白基因由于基因加倍形成alpha-珠蛋白和beta-珠蛋白基因。在比较人和猴子的基因时，可以发现alpha-珠蛋白和beta-珠蛋白基因属于同一类，即直系同源基因。因此，选项D是正确的。而A、B、C选项中，alpha-珠蛋白和猴子的beta-珠蛋白基因、人的alpha-珠蛋白和猴子的alpha-珠蛋白基因、人的alpha-珠蛋白和人的beta-珠蛋白基因分别属于不同类别的基因，因此不正确。'

人类基因组测序计划的完成对人类__________等这些方面起了很大的推动作用。

AI参考:正确选项为：B:在一个非常精细的基因组层面上，对基因功能、人与人之间的差异，进行解析人类基因组计划对于基因的功能和人与人之间的差异的解释起了很大的推动作用。虽然不能说已经完全解析了这些内容，但这一计划的完成使研究人员可以更加细致地研究基因组，深入理解基因的功能和人类进化的各种机制。此外，该计划还对发展针对癌症的分子靶向治疗提供了一定的可能，但并非直接推动了基因编码序列的改变，或者为中国培养了一批杰出的基因组学科学家。因此，选项B是正确的解释。'

蛋白质空间三级结构预测的方法有哪些。

答案:从头预测法;同源建模法;折叠法

两个序列进行序列比对，同源位点之间会出现以下哪些情况？

AI参考:正确答案是：ABC。序列比对是在不同序列间进行的操作，比较两段核酸序列的结构相似性。比对的结果有两种情况：相配（B正确）和相错配（A正确）。此外，两个序列之间的相加不能得到答案。故答案为ABC。'

以下哪些技能是称为一名优秀的生物信息学工作者所必备的：

AI参考:正确选项是：A:统计学，C:编程。生物信息学工作者需要具备统计学和编程技能，因为生物信息学涉及到大量的数据处理和分析，需要使用统计学和编程语言来实现。而会计学与生物信息学没有直接关系，生物信息学工作者也不需要掌握该技能。生物信息学本身是一个学科领域，但不是必备技能。因此，答案为A和C。'

两次诺贝尔奖获得者Sanger对于生物信息学发展的重要贡献是什么？

AI参考:通过对选项的分析，B选项“发明DNA测序的方法”是对Sanger在生物信息学发展中的重要贡献的正确描述。Sanger开创了DNA测序的方法，即双脱氧链末端终止法，这是生物信息学研究的重要工具和方法，对于基因组结构和功能的研究具有重要意义。其他选项A、C、D虽然也与生物信息学发展有关，但并不是Sanger的直接贡献。因此，正确答案是B:发明DNA测序的方法。'

两个序列的相似性为90%，那么他们之间的同源性也就是90%。

AI参考:正确答案是B：对。两个序列的相似性为90%，那么他们之间的同源性也就是90%。相似性和同源性是生物信息学中常用的两个概念，它们之间有密切的联系。相似性指的是两个序列之间的相似程度，通常用百分比来表示；而同源性则指的是两个序列在进化上的关系，即它们是否来自同一祖先。因此，两个序列的相似性越高，它们的同源性也越高。所以，这个问题的答案是B：对。'

直系同源基因存在于不同的物种中。

答案:å¯¹

根据转录组测序的结果，基因的counts数目一样多的时候，就说明基因的表达量是一样多。

AI参考:B. 对。根据转录组测序的结果，基因的counts数目可以用来反映基因的表达量情况。当两个基因的counts数目一样多时，并不能直接说明它们的表达量是一样多。这是因为测序过程中存在测序深度、噪声等因素的影响，可能会使同一基因的counts数目略有波动。因此，需要根据实际情况综合考虑。综上所述，正确答案是B，即“对”。'

全基因组重亚硫酸盐测序是研究全基因组甲基化修饰的金标准。

答案:对

在仿射空位罚分体系中，起始空位的罚分一般远远大于延伸空位的罚分。

答案:对

在物种数目N（N>2）相同的情况下，可能的有根数的数目大于可能的无根树的数目。

AI参考:答案是B：错。根据题目描述，物种数目相同的情况下，有根树的数目可能大于无根树的数目，但这并不一定成立。因为无根树的存在取决于特定的物种和环境条件，而物种数目相同的情况下，无根树的存在与否还受到其他因素的影响，如生长环境、繁殖方式等。因此，不能简单地根据物种数目来判断有无根树的数量。'

空位罚分里，比较常用的是线性空位罚分。

答案:é”™

进行单细胞测序研究时首先就要进行单细胞的分离，即从异质性的细胞群体中分离出某种类型的细胞。

答案:对

BLAST算法是一种全局的序列比对算法。

答案:错误AI参考:正确答案是B：错。BLAST算法是一种全局的序列比对算法，但是它并不是一种比对所有序列的算法，而是用于比对一段特定的序列与其他已知序列的算法。因此，该算法不是一种全局的序列比对算法。'

转录组的内容包括了RNA和蛋白质（错）

AI参考:答案是A：错。转录组的内容主要是RNA，包括mRNA、tRNA、rRNA等，不包括蛋白质。题目中提到的“包括了蛋白质”是错误的。'

最大简约法构建进化树的前提假设是生物演化应该遵循简约的原则。

答案:对

超二级结构由几个二级结构的特定组合而组成。

答案:对

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本文分类：智慧树知到期末考试答案2023春
本文标签：生物信息学（上海海洋大学）
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发布日期：2023-12-16 19:08:22

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