第四章 CADD的兵法解析:本章基于暨南大学药学院10多年的CADD教学实践经验,从四个研究案例展开,对案例的研究思路进行讲解,并将其CADD研究方法进行重现,旨在引导学生在学习完基本操作及四大模块操作后,可利用真实案例提升CADD技能的应用。4.1综合案例一 同源模建:结合计算机辅助药物设计相关实例探讨计算机辅助药物设计在药物研发中的作用以及相关的实际操作,本节课程为综合案例一,应用同源模建理论知识,案例名称为新型DDR1和DDR2双重抑制剂的设计合成和生物学评价。
4.2CADD 综合案例二:结合计算机辅助药物设计相关实例探讨计算机辅助药物设计在药物研发中的作用以及相关的实际操作,本节课程为综合案例二,应用定量构效关系理论知识,案例名称为酪氨酰-tRNA合成酶抑制剂的构效关系研究
4.3CADD 综合案例三:结合计算机辅助药物设计相关实例探讨计算机辅助药物设计在药物研发中的作用以及相关的实际操作,本节课程为综合案例三,应用3D-QSAR与对接理论知识,案例名称为细胞(CDK2)抑制剂吡唑并[4,3-h]喹唑啉-3-甲酰胺的3D-QSAR和对接研究。
4.4CADD 综合案例四:结合计算机辅助药物设计相关实例探讨计算机辅助药物设计在药物研发中的作用以及相关的实际操作,本节课程为综合案例四,应用药效团模型虚拟筛选理论知识,案例名称为构建药效团模型虚拟筛选作为抗菌药物的肽脱甲酰酶抑制剂苗头化合物。
[单选题]同源模建是指如果发现一个序列与另一个三维结构已知的序列具有(),那么,就可以选择基于已知的蛋白用建模方法来预测该未知蛋白质的三维结构。
同源性
一致性
可比性
相似性
答案:同源性
[单选题]同源模建其实属于蛋白质结构预测技术的其中一个方法,另外还有从头预测法和( )。
反向折叠法
片段法
参比构建法
特定构型法[判断题]蛋白质需要正确折叠为特定构型,才能发挥其正常功能。

[单选题]QSAR拟合相关系数中,有三个参数相关系数R、标准偏差S和F检验值。下列哪项正确
R越小,F越大,s越大,表明模型的拟合能力越强
R越小,F越大,s越小,表明模型的拟合能力越强
R,F越小,s越大,表明模型的拟合能力越强
R,F越大,s越小,表明模型的拟合能力越强[判断题]CoMSIA方法的假定与CoMFA方法相似,即配基与受体间的共价相互作用是由分子场决定的。

[判断题]SAMPLE法确定留一法的交叉验证r2是依据样本距离偏最小二乘法 。

[判断题]结构优化是为了确定分子低能构象、就需求解与其相对应的分子势能面上的极大值,这一过程称为能量优化。

[多选题]刚性的分子对接方法
基于几何哈希技术“geometric hashing”的方法
基于pose clustering的方法
基于Howard规则的方法
基于最大团搜索的方法[多选题]柔性对接的方法
基于分子模拟的方法
片段的方法
构象的系综方法
遗传算法和进化规划[判断题]基于受体结构的药效团主要在(配体-受体复合物的晶体结构已经清楚地)条件下使用

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