暨南大学
- 用来建立药效团模型的分子需要和受体之间具有相似的作用机制，这样才能保证所有分子具有相似的药效模式。
- 地西泮4、5位开环，影响药物的生物利用度。
- 三级结构的保守性远远大于一级结构的保守性。
- 电荷中心：配体上的电荷中心是指配体上的非带电基团
- 如果未知蛋白质是现在还没有出现过的结构类型，就不能用反向折叠法。
- 多序列比对问题其实是双序列比对问题的推广。
- 计算机辅助药物设计的一般原理是, 首先通过X-单晶衍射技等技术获得受体大分子结合部位的结构, 并且采用分子模拟软件分析结合部位的结构性质, 如静电场、疏水场、氢键作用位点分布等信息。
- 现代药物发现也有其局限性，其研究对象为“药物-疾病”关系而非“靶点-药物”关系。
- Sample法，是指使用样本距离偏最小二乘法(SAMPLS)来确定留一法的交叉验证r2 。
- 测试集是除去训练集以外的，同样具有一定数量、结构特征以及活性范围分布的化合物，用于验证药效团模型的合理性。
- 拟合相关系数中，有三个参数相关系数R、标准偏差S和F检验值。R，F越大，s越小，表明模型的拟合能力越弱。
- CoMSIA方法的假定与CoMFA方法相似，即配基与受体间的共价相互作用是由分子场决定的。
- 体内能与受体特异性结合的物质，称为配体或配基
- 在搭建目标蛋白模型之前，首先需找出与目标蛋白序列同源且已知晶体结构的模板蛋白。
- 在标准的流程中，测试集的误差评价结果是偏保守的，因为模型的实际误差要比报告的误差低一些。
- 同源模建第三步到第五步为序列比对、loop区和氨基酸侧链。
- 在得到每个小分子的多构象以后，就需要对这些构象进行叠合以找到共同的药效团模型。
- 属于同一个蛋白家族的所有蛋白，存在三维结构基本一样的区域。
- 与其余药效特征不同，排斥体积并不是对应于配体上特殊的原子或者基团，而是基于配体分子的空间特征。
- 基于片段装配法(fragment-based assembly)会去搜寻已知结构蛋白中与目标蛋白相似的那部分。
- 药物和受体间属于电性结合的形式有
- 下列属于同源模建模型评价方法的有
- 受体都有其内源性配体，如
- 蛋白与小分子的相互作用之一的静电作用包括
- 药效团构建中叠合方法主要有：
- SYBYL软件中哪个模块可用于构建药效团模型
- 对接过程的常用方法包括
- 下列有关虚拟筛选的描述是正确的有
- 计算机辅助药物设计的作用
- 代表性对接软件
- 如何评价对接分子之间的结合强度
- 以下哪些属于化学结构式编辑程序
- 目前计算机辅助药物设计存在的问题
- 下面属于药效团模型中负电荷中心的是
- 分子对接的重要原则
- 在药物和受体之间的识别中起重要作用的非键相互作用的主要有：
- 以下哪些软件可用于构建药效团模型
- QSAR模型的内部验证拟和相关系数包括
- 以下哪些属于蛋白质结构查看软件
- 常用序列比对程序通常给出一些统计值，用来表示结果的可信度。BLAST程序中使用的是
- 基于知识的蛋白质的建模的方法包括（）和基于片段装配法，主要应用于loop及氨基酸侧链的建模。
- （）是把结构未知的蛋白质序列与已知的结构进行匹配，找出一种或几种匹配结构好的结构作为结构未知的蛋白质的预测结构。
- 分子对接分类中一般用于精确考虑分子间的识别情况的是
- 蛋白质-配体相互作用的效果可以在一定程度上由（）表示
- 分子对接最初思想起源于FisherE.的
- 在配体和受体相互作用时，在配体的某些取代位置上存在某些原子或原子团可能会和受体产生不利的原子碰撞，这些位置上的原子或原子团占有的位置就构成
- 氢键给体：氢键给体主要包括氢原子以及与之相连的氧原子和氮原子，以下属于氢键给体的是
- 在得到初步的药效团模型后，对于这个初步模型，还需要依据受体-配体复合物的结构，分析配体-受体相互作用关键位点，对药效团模型进行
- 评价药效团模型的好坏有不同的方法，以下药效团模型的评价参数中正确的是：
- 主要同源建模方法包括刚体装配法和
- 药效团模型中，不同颜色的球代表不同的药效特征元素，其中疏水中心的颜色是
- 电荷中心可以分为两类：正电荷中心和负电荷中心，下列属于正电荷中心的是：
- .以下哪一个药物不属于非甾体类抗炎药物。
- 从头预测法的细分不包括以下哪种
- 序列比对是为确定两个或多个序列之间的（），而将它们按照一定的规律排列。
- 在基于配体的药效团模型中，从一系列小分子出发，构建基于配体结构共同特征的药效团，其中第一步是
- 如果没有蛋白质的晶体结构，需要同源模建，可以使用
- 药效团的构建是基于训练集实施的，以下属于药效团的构建的方法的是
- 同源模建是指如果发现一个序列与另一个三维结构已知的序列具有（），那么，就可以选择基于已知的蛋白用建模方法来预测该未知蛋白质的三维结构。
- 在基于配体的药效团模型构建中，第二步就是
A:对 B:错
答案:对
A:错 B:对
答案:错
A:对 B:错
答案:对
A:对 B:错
答案:错
A:错 B:对
答案:对
A:对 B:错
答案:对
A:错 B:对
答案:对
A:错 B:对
答案:错
A:错 B:对
答案:对
A:错 B:对
A:错 B:对
A:对 B:错
A:错 B:对
A:错 B:对
A:错 B:对
A:对 B:错
A:对 B:错
A:对 B:错
A:对 B:错
A:错 B:对
A:范德华力 B:金属络合 C:疏水键 D:氢键
A:Veerify3D B:PROSA程序评价 C:碳骨架二面角 D:SMD
A:自体活性物质 B:支原体 C:神经递质 D:激素
A:离子-诱导偶极相互作用 B:离子键 C:偶极-偶极相互作用 D:离子-偶极键
A:比较化合物结构立场性质来进行叠合 B:柔性叠合 C:比较化合物结构形状性质来进行叠合 D:刚性叠合
A:MOE B:GASP C:GALAHAD D:ROCS
A:经典契合法 B:原子生长法 C:分子碎片法 D:模板定位法
A:属于先导物衍生的一种手段 B:在化合物类药性的虚拟判断基础上挑选化合物合成 C:适合在真实组合合成和高通量筛选之前 D:其目的是为了提高命中率
A:拟药物与受体相互作用 B:阐明药物的作用机理 C:高通量筛选先导物 D:为药物的进一步改造提供许多有价值的信息
A:Sybyl B:LigandFit（Cerius2） C:Glide D:AutoDock
A:团非键作用能 B:团半经验的自由能计算 C:团基于分子表面的溶剂化计算 D:团随机的自由能计算
A:Isis draw B:chemdraw C:MOE D:Open Babel
A:受体-配体相互作用的方式问题 B:药物体内转运、代谢和体内毒副作用问题 C:设计的分子能否进行化学合成 D:蛋白质结构三维结构的真实性和可用性问题
A:磷酸单酯和磷酸中两个羟基氧 B:羧酸、亚磺酸或磷酸中羟基氧 C:硫酸和磺酸中羟基氧 D:磷酸二酯和磷酸酯中羟基
A:特异性 B:预组织性 C:互补性 D:能量最低性
A:包括离子-偶极作用在内的静电作用 B:立体相互作用 C:疏水场 D:共价键
A:GALAHAD B:MOE C:Discovery Studio D:Openeye中的ROCS
A:P值 B:相关系数（R） C:F检验值 D:标准偏差（S）
A:FreeMOL B:PyMol C:Modeller D:Discovery Studio
A:q B:p C:h D:e
A:反向折叠法 B:加权平均法 C:空间限制满足法 D:从头预测法
A:刚体配装法 B:加权平均法 C:从头预测法 D:反向折叠
A:柔性对接 B:刚性对接 C:半柔性对接 D:半刚性对接
A:空间位阻效应 B:蛋白质效率 C:环境能量效应 D:配体效率
A:镶嵌模型 B:锁和钥匙模型 C:月亮模型 D:太阳模型
A:静电中心 B:排斥体积 C:疏水中心 D:电荷中心
A:二硫键 B:巯基 C:非酸性羟基；氨基；但不包括三氟甲基磺酰胺和四唑中的次氨基 D:氨基酸
A:归类 B:拆分 C:简化 D:验证和优化
A:Specifity：特异性是每个药效团模型判断能力的评价指标，根据提问分子结构与药效团的匹配程度以及空间中分离的程度来计算，该值大于5较好。 B:NERGY：模型的空间重叠 C:FEATS：药效团模型中的药效团个数。 D:STERICS：药效结构的一致性
A:反向折叠法 B:加权平均法 C:从头预测法 D:局部模建
A:黄色 B:红色 C:绿色 D:紫色
A:亚氨氮原子和三氮取代的胍基中的碳原子 B:伯、仲、叔脂肪胺中的氮原子 C:四唑中的氨基氮原子 D:芳胺中的氮原子
A:吲哚美辛 B:布洛芬 C:美洛昔康 D:地塞米松
A:蛋白质结构类型预测 B:详细的三维结构间接预测 C:超二级结构预测 D:蛋白质折叠模式预测
A:差异性 B:相似性以至于同源性 C:相关性 D:一致性
A:小分子构象分析 B:分子叠合及药效团的产生 C:药效团模型的评价、修正 D:活性小分子的选取
A:Sybyl B:blast C:Autodock D:Pymol
A:基于药效团模型的三维结构搜寻方法和假想受点点阵 B:偏最小二乘法 C:反射法 D:蒙特卡罗（Monte Carlo）方法
A:相似性 B:同源性 C:一致性 D:可比性
A:活性官能团构建 B:分子叠合 C:准备活性小分子 D:小分子构象分析
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