第七章 代谢组学与代谢网络:基因组学和蛋白质组学研究告诉人们,细胞内什么事情可能会发生。而要确定什么事情确实发生了,需要开展细胞代谢的研究。细胞代谢活动产生很多代谢物,这些代谢物之间彼此反应从而刺激新的代谢物产生,构成代谢网络。因此本章分为代谢组学分析和代谢网络分析两部分内容,分别介绍了它们的基本概念、技术路线和应用方法。7.1代谢组学分析:代谢组学分析以生物体系内源化合物为研究对象,研究生物体系受外部刺激或基因变异后所产生的所有代谢产物的变化。本节先介绍代谢组学分析的定义、分类及其优缺点,然后从样本采集、样本制备、仪器分析、原始数据处理、统计分析、生物学意义阐释等6个方面全面介绍了代谢组学分析的技术路线,最后以逍遥散抑郁症疗效分析和红霉素发酵代谢靶标分析两个案例说明了代谢组学分析方法的应用。
7.2代谢网络分析:代谢网络是一种生物分子网络,本节从生物分子网络入手,介绍了代谢网络的基本概念。然后结合毕赤酵母全基因组代谢网络模型构建、鸟苷发酵代谢流迁移和红霉素正丙醇代谢分析等具体案例,详细说明了流平衡分析、化学计量学代谢通量分析和13C代谢通量分析等三种代谢网络分析方法的技术路线和应用方法。
7.1代谢组学分析:代谢组学分析以生物体系内源化合物为研究对象,研究生物体系受外部刺激或基因变异后所产生的所有代谢产物的变化。本节先介绍代谢组学分析的定义、分类及其优缺点,然后从样本采集、样本制备、仪器分析、原始数据处理、统计分析、生物学意义阐释等6个方面全面介绍了代谢组学分析的技术路线,最后以逍遥散抑郁症疗效分析和红霉素发酵代谢靶标分析两个案例说明了代谢组学分析方法的应用。
7.2代谢网络分析:代谢网络是一种生物分子网络,本节从生物分子网络入手,介绍了代谢网络的基本概念。然后结合毕赤酵母全基因组代谢网络模型构建、鸟苷发酵代谢流迁移和红霉素正丙醇代谢分析等具体案例,详细说明了流平衡分析、化学计量学代谢通量分析和13C代谢通量分析等三种代谢网络分析方法的技术路线和应用方法。
[单选题]代谢物组分析可在代谢靶标分析、代谢物谱分析和代谢指纹分析三个层次上开展。

选项:[对, 错]
[单选题]代谢网络研究所建立的模型可分为计量模型、调控模型和动力学模型三种。

选项:[错, 对]
[单选题]13C代谢通量分析中,测量丙氨酸同位素丰度时,最多能测量出几种同位素异构体的信息?

选项:[8, 2, 4, 16]
[单选题]代谢物组研究的对象是什么?

选项:[转录物, 内源性化合物, 蛋白, 基因]
[多选题]下面哪些测量值可作为流平衡分析的约束条件?

选项:[产物生成速率, 蛋白序列, 同位素丰度, 基因序列]
[多选题]下面哪些方法可用在代谢物组学分析中应用?

选项:[核磁共振法, 光谱法, 测序法, 质谱法]
[多选题]常用的代谢物分离方法包括哪些?

选项:[液相色谱法, 毛细管电泳法, 梯度离心法, 气相色谱法]
[单选题]流平衡分析不但考虑了代谢反应的化学计量信息,也包含了代谢反应的调控信息。

选项:[错, 对]
[单选题]全基因组代谢网络模型是基于基因-蛋白-代谢反应三者之间的对应关系建立起来的?

选项:[错, 对]
[单选题]在主成分分析中,两个样品在得分图上的距离越近,它们属于同一类别的可能性就越大。

选项:[错, 对]
[多选题]与第一代测序技术比较,第二代测序技术的优势在于_______

选项:[单碱基费用低, 准确性高, 通量高, 读长长]
[单选题]处理或者计算后的序列一般保存为_______格式

选项:[Fastq, Txt, Fasta, AB1]
[单选题]N50长度比平均长度更能反映一个序列组装的实际质量。

选项:[错, 对]
[单选题]K-Mer长度一般取原始测序读长序列的一半。

选项:[错, 对]
[单选题]BUSCO检验用于检测______

选项:[基因组的保守性和完整性, 基因组的杂合度, 基因组的重复序列, 基因组的大小]
[单选题]基因组大小的差异主要来自______

选项:[基因的平均长度, 基因的数量, 基因外显子的数目, 重复序列]
[单选题]下面哪个是进行非编码RNA预测的软件_____

选项:[Infernal, Trinity, Orthomcl, RepeatModeler
]
[单选题]关于基因共线性分析意义的描述,下列哪一项不正确_____

选项:[判断基因是否受到正选择, 鉴定基因组的多倍体化, 发掘两个物种不同染色体之间的对应关系., 分析基因的复制]
[单选题]______年开始,国际人类基因组计划启动。

选项:[1990, 1991, 1995
, 1993]
[单选题]草鱼的基因组遗传图谱一共有_____条染色体。

选项:[28, 32, 48, 24]
[单选题]水稻的垃圾DNA”多位于编码基因序列之内。

选项:[对, 错]
[单选题]在不同的物种间,造成基因组大小差异的主要原因来自于基因间隔区。

选项:[对, 错]

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