第六章 分子进化和系统发生：本章主要介绍分子系统发生概述、分子水平的进化、分子系统发生分析的基本概念、分子系统发生数的构建方法、构建系统发生树的步骤、常见系统发生树的软件简介。6.1分子系统发生概述:本节主要介绍分子系统发生。系统发生学是一门学科，它研究生物演化规律及物种间亲缘关系。研究结果往往以一棵树的形式表示所分析的物种或群体间的演化关系，这棵树就叫做系统发生树。所以系统发生的研究就是寻找能准确反映所研究物种演化关系的系统发生树的过程。[单选题]当构建分子系统发生树时，需要考虑哪种机制产生的变异?选项:[基因重组, 缺失突变, 碱基替代, 插入突变]
6.2分子水平的进化:本节主要包括分子进化的模式、分子进化中蛋白质的进化速率、分子进化中核酸的进化速率、分子进化速率的特点和影响因素、分子进化的中性学说和研究分子进化的意义 。
6.3分子系统发生分析的基本概念:本节主要是系统发生树的基本概念。
6.4分子系统发生树的构建方法:本节主要介绍如何构建系统发生树。包括基于距离的系统发生树构建方法、最大简约法 (MP) 、最大似然法 (ML)。
6.5构建系统发生树的步骤:本节主要包括构建系统发生树的步骤和检测方法，
6.6常见系统发生树的软件简介:本节介绍常见系统发生树的软件，主要介绍MEGA软件的使用。
6.1分子系统发生概述:本节主要介绍分子系统发生。系统发生学是一门学科，它研究生物演化规律及物种间亲缘关系。研究结果往往以一棵树的形式表示所分析的物种或群体间的演化关系，这棵树就叫做系统发生树。所以系统发生的研究就是寻找能准确反映所研究物种演化关系的系统发生树的过程。
6.2分子水平的进化:本节主要包括分子进化的模式、分子进化中蛋白质的进化速率、分子进化中核酸的进化速率、分子进化速率的特点和影响因素、分子进化的中性学说和研究分子进化的意义 。
6.3分子系统发生分析的基本概念:本节主要是系统发生树的基本概念。
6.4分子系统发生树的构建方法:本节主要介绍如何构建系统发生树。包括基于距离的系统发生树构建方法、最大简约法 (MP) 、最大似然法 (ML)。
6.5构建系统发生树的步骤:本节主要包括构建系统发生树的步骤和检测方法，
6.6常见系统发生树的软件简介:本节介绍常见系统发生树的软件，主要介绍MEGA软件的使用。
[单选题]关于分子时钟假说，下列表达正确的是( )选项:[对于每一个给定的蛋白质,其分子进化速率在所有的进化分支上是大致恒定的, 对于每一个给定的蛋白质,分子进化的速率是逐步减慢的,就像一个不准时的时钟一样, 所有的蛋白质进化速率都与化石记录相符合, 所有的蛋白质都保持一个相同的恒定的进化率]
[单选题]核苷酸替代速率与gamma分布相符合，下列选项中，描述不正确的是( )
选项:[Gamma值=1,表明基因上各位点的进化速率有显著差异, Gamma值大小反映进化速率的大小, Gamma值<1,表明该基因有很多位点几乎不变, Gamma值大小反应基因各位点进化速率的异质性大小]
[单选题]下列选项中，描述关于分子进化速率正确的是（ ）选项:[单位时间内基因上的核苷酸替代频率, 单位时间内基因的恒定区核苷酸的替代频率,
| 单位时间内每个核苷酸位点的平均替代频率 |
, 单位时间内基因的高变区核苷酸的替代频率, 单位时间内基因上的核苷酸替代频率,
| 单位时间内基因的高变区核苷酸的替代频率 |
, 单位时间内每个核苷酸位点的平均替代频率,
| 单位时间内基因的恒定区核苷酸的替代频率 |
]
[单选题]判断基因承受的选择压力时，表示中性选择的是下列哪个选项？选项:[ω=0, ω>1, ω=1, ω<1]
[单选题]
如果两序列间的相似性越高,则它们的同源性就越高。选项:[
| 正确 |
,
| 错误 |
]
[单选题]遗传漂变是生物进化的重要作用力，下列哪种情况下最容易发生遗传漂变？选项:[一个小的开放生物群体中, 一个大的封闭生物群体中 , 一个小的封闭生物群体中 , 一个大的开放生物群体中 ]
[单选题]在利用MEGA构建系统发生树时，不能完成下面哪项工作（ ）
选项:[构建NJ树 , 构建MP树 , 构建Bayes树, 构建ML树 ]
[单选题]下面（ ）原则用于确定MP法的最优树？
选项:[似然率最大的树, 替代速率最快的树 , 替代路径最简单的树 , 替代路径最复杂的树]
[单选题]基因进化过程中，转换速率一般比颠换快。选项:[对, 错]
[单选题]基因进化过程中，转换速率一般比颠换快。选项:[错, 对]
[单选题]遗传漂变是生物进化的重要作用力，下列哪种情况下最容易发生遗传漂变？选项:[一个小的开放生物群体中, 一个大的封闭生物群体中 , 一个小的封闭生物群体中 , 一个大的开放生物群体中 ]
[单选题]核苷酸替代速率与gamma分布相符合，下列选项中，描述不正确的是( )
选项:[Gamma值=1,表明基因上各位点的进化速率有显著差异, Gamma值大小反应基因各位点进化速率的异质性大小, Gamma值<1,表明该基因有很多位点几乎不变, Gamma值大小反映进化速率的大小]
[单选题]关于分子时钟假说，下列表达正确的是( )选项:[所有的蛋白质进化速率都与化石记录相符合, 所有的蛋白质都保持一个相同的恒定的进化率, 对于每一个给定的蛋白质,分子进化的速率是逐步减慢的,就像一个不准时的时钟一样, 对于每一个给定的蛋白质,其分子进化速率在所有的进化分支上是大致恒定的]
[单选题]
如果两序列间的相似性越高,则它们的同源性就越高。选项:[
| 错误 |
,
| 正确 |
]
[单选题]判断基因承受的选择压力时，表示中性选择的是下列哪个选项？选项:[ω<1, ω>1, ω=0, ω=1]
[单选题]在利用MEGA构建系统发生树时，不能完成下面哪项工作（ ）
选项:[构建NJ树 , 构建MP树 , 构建Bayes树, 构建ML树 ]
[单选题]当构建分子系统发生树时，需要考虑哪种机制产生的变异?选项:[碱基替代, 缺失突变, 插入突变, 基因重组]
[单选题]下面（ ）原则用于确定MP法的最优树？
选项:[似然率最大的树, 替代路径最复杂的树, 替代速率最快的树 , 替代路径最简单的树 ]
[单选题]下列选项中，描述关于分子进化速率正确的是（ ）选项:[单位时间内基因的高变区核苷酸的替代频率,
| 单位时间内基因的高变区核苷酸的替代频率 |
,
| 单位时间内每个核苷酸位点的平均替代频率 |
,
| 单位时间内基因的恒定区核苷酸的替代频率 |
, 单位时间内基因上的核苷酸替代频率, 单位时间内基因的恒定区核苷酸的替代频率, 单位时间内基因上的核苷酸替代频率, 单位时间内每个核苷酸位点的平均替代频率]
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